横琴目前知名的高等教育机构是澳门大学横琴校区。这所大学是澳门大学在广东省珠海市横琴岛上建设的新校区，它是首间延伸到横琴粤澳深度合作区开展教学与实验的澳门高校。澳门大学横琴校区预计将于2028年8月投入使用，并将新设医学院、信息学院、设计学院和工学院等四个学院，同时建立新的产学研平台，即澳大横琴高等研究院。
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